南京三日游的最佳路线如下：
第一天：总统府-南京博物院-夫子庙秦淮河风光带
* 上午：参观总统府，了解南京的历史文化。
* 下午：前往南京博物院，这是一座综合性博物馆，藏品丰富，尤其以明清瓷器、青铜器、书画等馆藏品为特色。
* 晚上：前往夫子庙秦淮河风光带，体验南京的夜景和美食。
第二天：中山陵景区-明孝陵
* 上午：前往中山陵景区，参观孙中山纪念馆，了解孙中山先生的生平和贡献。
* 下午：前往明孝陵，了解明朝历史，欣赏明孝陵石象路秋季层林尽染的美景。
第三天：南京城墙-老门东历史文化街区-南京大屠杀遇难同胞纪念馆
* 上午：体验南京城墙的古老魅力，欣赏老南京风貌。老南京的历史与文化的印记随手都能触碰得到。或者选择骑行环绕紫金山。下午可前往老门东历史文化街区逛逛。这是一个历史悠久的街区，有众多传统建筑和文化景点。可以品尝当地美食和购买特色纪念品。建议游览时间大约半天左右。之后可以前往南京大屠杀遇难同胞纪念馆，这是一个纪念南京大屠杀事件的重要场所，具有重要的历史意义和文化价值。请注意尽量避开人多的时候去参观，以免过于拥挤影响参观体验。傍晚时分结束行程返回酒店休息。晚上结束愉快的南京三日游行程。请注意以上路线仅供参考，可以根据个人兴趣和时间安排进行调整。同时请注意安全出行和遵守当地的规定和习俗。祝您旅途愉快！
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